Kutoharjo adalah sebuah desa yang terletak di pusat kecamatan Kaliwungu. Sebelah utara berbatasan dengan desa Mororejo, sebelah timur berbatasan dengan desa Nolokerto, sebelah selatan berbatasan dengan desa Protomulyo dan sebelah barat berbatasan dengan desa Krajankulon. Dalam wilayah Kutoharjo terdapat banyak pesantren dan Masjid. Sehingga banyak pendatang menyebabkan pembauran dan pertambahan penduduk begitu cepat terjadi.

Saat ini pemerintah desa Kutoharjo sedang menggiatkan kegiatan wisata religi dengan nama Noto Deso. Terdapat beberapa makam di desa Kutoharjo yang sering di ziarahi diantaranya komplek makam Mbah Wali Musyafa dan komplek makam Eyang Pakuwojo, yang setiap hari ramai di datangi oleh para peziarah. dan di setiap Khaulnya.

Dalam sektor pertanian Kutoharjo memilik sawah bengkok ( Bondo desa ) yang masih produktif dan juga menjadi salah satu sumber penghasilan asli desa ( PAD ). Dan disektor pendidikan, Sekolah yang terdapat di desa Kutoharjo adalah SDN 1 Kutoharjo, SDN 2 Kutoharjo, SDN 3 Kutoharjo, SDN 4 Kutoharjo, MTS Sunan katong, SMP Islam Kaliwungu.